1 從定義看不同
1.1 蛋白固體飲料：
是以含一定的動物蛋白或植物蛋白（或兩種以上混合蛋白）的食品原料和輔料、食品添加劑等加工制成的粉末狀、顆粒狀或塊狀，供沖調或沖泡飲用的固態食品。
1.2 特醫食品：
是指為滿足進食受限、消化吸收障礙、代謝紊亂或者特定疾病狀態人群對營養素或者膳食的特殊需要，專門加工配制而成的配方食品。
1.3 兩者的顯著不同點：
（1）蛋白固體飲料是為普通人群提供的普通食品，一般沒有特別針對的食用人群，消費者可自行選擇和食用。
（2）特醫食品是為患有疾病或特殊醫療狀況的特定人群提供的營養食品，是特殊食品，有嚴格的分類和適用人群。特別應注意的是：特醫食品必須在醫生或臨床營養師指導下，單獨食用或與其他食品配合食用。
2 監管方式不同
蛋白固體飲料作為普通食品，其產品配方、標簽和說明書等，均不需要注冊審批，只需取得生產經營許可即可生產銷售。而特醫食品則不同，其產品配方、生產工藝、標簽和說明書等，需經國家市場監督管理總局嚴格注冊審批，并應取得相應生產經營許可后方可生產銷售。
特醫食品申請注冊時，需提供產品配方、生產工藝、產品標準、標簽和說明書、檢驗報告及其它表明安全性、營養充足性和特殊醫學臨床效果等申報材料，還需通過生產現場核查、產品抽樣檢驗等。
3.產品執行標準不同
蛋白固體飲料應符合《食品安全國家標準 飲料》（GB 7101-2015）等相關規定。而品種不同的特醫食品，應相應符合《食品安全國家標準 特殊醫學用途配方食品通則》（GB 29922-2013）或《食品安全國家標準 特殊醫學用途嬰兒配方食品通則》（GB 25596-2010）相關規定。
與蛋白固體飲料比，特醫食品標準中要求的營養成分更豐富、更全面，適用人群明確。同時，兩者在營養素的種類和含量上也是不同的，尤其是在全營養特醫食品標準中，除規定了蛋白質、脂肪、碳水化合物等宏量營養素的要求外，還必須含有13種維生素和12種礦物質成分，另有多種可選擇性營養成分可選擇添加。而蛋白固體飲料的營養成分相對比較簡單、種類少。
4.標簽信息不同
蛋白固體飲料標簽應符合《食品安全國家標準 預包裝食品標簽通則》（GB 7718）的規定；特醫食品標簽應符合《食品安全國家標準 預包裝食品標簽通則》（GB 7718）中相應條款的要求，還應符合《食品安全國家標準 預包裝特殊膳食用食品標簽》（GB 13432）的規定。
蛋白固體飲料作為普通食品，不需要注冊審批，所以標簽上沒有注冊號；特醫食品標簽必須注明產品注冊號、適用人群、產品名稱等，其中注冊號可在國家市場監督管理總局官方網站查詢，產品名稱中應含有“特殊醫學用途×××配方食品（或特殊醫學用途嬰兒××配方食品）”等內容。
5.選購和食用人群不同
1. 蛋白固體飲料不需要遵醫囑，消費者可自行選購，食用沒有特定人群。
2. 特醫食品必須按照醫生或臨床營養師指導選擇購買產品，而且購買時要注意看清楚標簽信息內容。準確選購的同時，在食用時限和食用方法等方面，也要嚴格遵照醫生或臨床營養師指導，不可自行無限期隨意食用。
6.蛋白固體飲料與“蛋白質組件”不同
在特醫食品中有一種“蛋白質組件”產品，其主要營養成分是蛋白質，適用于有特殊醫療狀況的特定人群補充蛋白質營養。由于蛋白固體飲料中也含有一定的蛋白質，因此，易與特醫食品“蛋白質組件”產生混淆，其實二者具有顯著差別。
1. 蛋白固體飲料是普通食品，沒有特別針對的食用人群；而“蛋白質”組件是特殊醫學用途營養素組件配方食品（簡稱“蛋白質組件”），是為患有疾病或特殊醫療狀況的特定人群提供的營養食品，應在醫生或臨床營養師指導下，與其他食品配合食用。
2. 由于蛋白質組件是特醫食品，其與蛋白固體飲料的區別和上述二、三、四、五內容相同。
3. 與蛋白固體飲料比，蛋白質組件中的蛋白質種類和特性更明確、蛋白質含量相對更高，適用人群明確。
4. 蛋白質組件在申請注冊時，需提供產品配方、生產工藝、產品標準、標簽和說明書、檢驗報告及其它表明產品安全性、營養充足性和特殊臨床效果等材料，還需通過生產現場核查和產品抽驗檢驗等。蛋白固體飲料不需要注冊審批。
5. 在選購蛋白固體飲料或蛋白質組件時應關注重視過敏性的問題。
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